Mit "Schema" bezeichnen die Datenbanker einfach die Struktur der Datenbank, also die Tabellen und Spalten darin.
Wenn sich die Struktur ändert, dann muss beim Update die Datenbank auf die neue Struktur geändert werden. Das sollte eigentlich der Updater machen.
Der konkrete Fehler hier ist, dass in einer Tabelle offenbar Daten eingetragen werden in einer Spalte mit UNIQUE index (typischerweise der key), aber die Daten sind schon vorhanden (es kann nur einen geben...).
Ob der Updater einen Fehler macht, oder ob die alten oder neuen Daten kaputt sind, dass weiß ich auch nicht. Ich kenne die Internas von MediaWiki auch nicht.